Dos años después de la Cuarta Guerra Mundial Shinobi y con la amenaza de una colisión entre la Luna y la Tierra, el destino de la humanidad cae en manos de Naruto.

Un enmascarado transporta a Naruto y Sakura a una realidad alternativa donde los padres de Naruto están vivos y los de Sakura no. Juntos deben buscar cómo volver a casa.