La misteriosa desaparición de un pesquero de arrastre escocés y la muerte a bordo de un submarino nuclear Trident ponen a la policía en conflicto con la Armada y los servicios de seguridad británicos.

Ambientada en la década de los años 60, el programa sigue a Endeavour Morse en sus primeros años como policía. Trabajando junto a su socio mayor, el DI Fred Thursday, Morse realiza una serie de investigaciones en Oxford.