La humanidad sobrevive bajo tierra en colonias, extrayendo recursos mientras lucha contra los monstruosos "kaijuu". Memenpu, una inventora de 9 años, sueña con la superficie y se convierte en una exploradora.

Dos años después de la Cuarta Guerra Mundial Shinobi y con la amenaza de una colisión entre la Luna y la Tierra, el destino de la humanidad cae en manos de Naruto.