En esta precuela ambientada un año después de la Cuarta Guerra Mundial, la extraordinaria cyborg y hacker Motoko Kusanagi de la Unidad Secreta 501 del ejército se ve envuelta en la investigación de un bombardeo devastador.

La aparición de un ninja con poderes misteriosos pone en peligro a Kakashi, así que Naruto y sus amigos emprenden una peligrosa misión para salvarle la vida.