En el año 2045, la mercenaria cibernética Motoko Kusanagi regresa a la Sección 9 para enfrentarse a una nueva y peligrosa amenaza: los poshumanos.

Guiado por el espíritu demoníaco en su interior, el huérfano Naruto busca perfeccionar sus habilidades ninja en esta divertida serie de anime de aventuras.

Un extraño chico llamado Tsukasa aparece en el videojuego en línea "The World". Afirma estar vivo y sin computadora.