En el Japón del periodo Heian, Hiromasa Minamoto se hace amigo del onmyōji Seimei Abe, y juntos se dedican a resolver casos del reino demoníaco.

En el año 2045, la mercenaria cibernética Motoko Kusanagi regresa a la Sección 9 para enfrentarse a una nueva y peligrosa amenaza: los poshumanos.

La Sociedad de la Justicia de América, un grupo de héroes que ayuda a los aliados en la Segunda Guerra Mundial, adquiere un aliado del futuro que los envía a una aventura que cambia la historia.